Al comienzo se relata lo sucedido algunos días antes de la llegada de Shinji a NERV. El equipo se encontraba realizando una prueba de sincronización de Rei con el prototipo EVA-00, cuando inesperadamente la unidad comenzó a rechazar a la piloto y enloquecer. Es por este accidente que Rei aparece herida en el primer capítulo. Shinji se sorprende del vínculo que su padre tiene con Rei. El quinto ángel Ramiel aparece y Shinji quiere enfrentarlo pero es derrotado y apenas consigue salvarse. Ramiel comienza a penetrar en la base subterránea de NERV y la situación se empeora a cada minuto.