Debido a la incapacidad de Asuka de pilotar, que además se encuentra en estado catatónico, SEELE envía a un misterioso Fifth Children (quinto elegido) llamado Kaworu Nagisa. Este chico se gana la confianza de Shinji, con el que mantiene una relación. Kaworu resulta ser el décimo séptimo Ángel que toma posesión del EVA-02 sin pilotarlo intentando alcanzar a Adán. Shinji lo persigue y lucha con el EVA-02 al que finalmente destruye, pero Kaworu alcanzó a Lilith, mas no a Adán y entonces se niega a provocar el Tercer Impacto, pidiéndole a Shinji que lo mate. A Shinji no le queda otra alternativa que hacerlo, pero lamenta el horror de tener que quitar la vida a la única persona que dijo que lo amaba. NERV entonces, elimina al último Ángel esperado.