A partir de la incorporación del S2, el EVA-01 tiene autonomía, pero como Shinji sobrepasó el 400% de sincronización, fue absorbido por la unidad, como le sucedió a su madre años atrás. Comienza el plan de rescate, y cuando quedan pocas esperanzas, el núcleo S2 se activa y Shinji cae al suelo desnudo. Su madre lo ha salvado otra vez, y Misato lo abraza mientras llora como si fuera su propio hijo, poco después Misato va con Kaji y se pasan toda la noche teniendo relaciones sexuales, también durante esos momento, Kaji le entrega a Misato un chip en forma de cápsula con toda la información que él tiene sobre NERV, para que ella continue su investigación.